《东厂西厂 短剧版》的故事围绕着明朝权力斗争激烈的东厂和西厂展开。主角林羽本是个普通的市井少年，偶然间被卷入了东西厂的纷争之中。东厂厂公魏忠和西厂厂公万羽，两人为了争夺皇帝的宠信和朝廷的控制权，明争暗斗不断。林羽在机缘巧合下得到一本武功秘籍，从此踏上了习武之路。他一边要躲避东西厂的追杀，一边努力提升自己的实力。在这个过程中，他结识了善良的侠女苏瑶，两人结伴而行，共同对抗邪恶势力。随着剧情发展，林羽逐渐揭开了东西厂背后更大的阴谋，原来他们企图勾结外敌，颠覆朝廷。最终，林羽和苏瑶联合正义之士，与东西厂展开了一场惊心动魄的决战，成功粉碎了他们的阴谋，守护了国家的安宁。